内部审核的操作程序一般可分为内部审核的策划，确定任务，做好准备，实施与纠正，以及最后提交全面的年度审核报告。

一、内部审核的策划
内部质量体系审核对一个企业的质量体系的改进和产品的提高都具有重要的作用。但要做好内部质量体系审核，关键在于领导对内审的重视。领导的质量意识不仅表现在控制不合格产品，使之不能产生、或是出了不合格品及时采取措施；更重要的还在于全面建立和实施一个合乎标准要求的质量体系。另外尤其重要的是要充分运用内部质量体系审核这个重要的管理手段和改进机制，使体系得到保持和改进。质量主管要充分考虑如下几点：
认真研究如何建立内审的组织机构，任命干部，确定其职责和制定其工作方针；
设立一个质量管理部门，从事企业内的质量管理工作，特别是从事内审工作。这个部门应确保按照质量管理和质量保证标淮的要求建立、实施和保持质量体系。
组建一支合格的质量体系内审员队伍。
编制一套正规的内审程序，明确内审的目的、范围、执行者的职责以及具体的实施方法。
建立质星体系时应考虑内部质量体系审核工作。
质量主管可以在建立质量体系时培养一批骨干来编写质量体系文件，同时这批骨干也成为以后的内审员；或是在建立休系之初，在培训骨干力量时就同时考虑建立内审组织并培训一批内审员。

二、确定内部审核的任务
如果是例行审核，则按年度计划进行；如果是特殊审核，则要明确目的和受审的部门或要素。每次审核还要明确采用的依据。任务确定后要按程序由有关领导批准下达。
内审应由本组织的质量管理部门研究具体情况后提出，由质量主管报请最高领导决定后实施。

三、内部质量体系审核的准备

1、内部质量体系审核的准备。
编制审核计划。
组成审核组
收集并审阅有关文件。
编制检查表
通知受审核部门并约定具体的审核时间。

2、内部质量体系审核计划的编制。内部质量体系审核一般应编制一份年计划。每月对一个或几个部门（或要素）进行一次审核，逐月展开，使一年内能覆盖所有部门（或要素）至少一次，最好是覆盖两次。其中对较重要的或问题较多的部门的审核频次可以增加。这份年计划又是滚动的，即跨年度连续进行，这样可以体现出审核的连续性。也可以制定集中审核方式，即每年1~2次集中审核各部门和各要素。
年初编制的这份年计划应请企业的总经理或质量主管批准实施，但如果有必要也可以在年中任何时候进行修改，修改要按一定程序进行，修改后的计划需经总经理或质量主管批准。
各部门各要素审核频次可根据审核中发现问题的大小、多寡以及该部门对产品质量形成过程的重要性来决定，且每年可以调控。

3、组成审核组。在进行内部质量体系审核前，质量主管应任命审核组长及审核员组成审核组。如果审核组只需一名审核员，则审核由审核组长单独进行一名审核员，则审核由审核组长单独进行。
在任命审核组长时，主要考虑的因素是：
资格：即必须是由质量主管任命，经过培训的内部质量体系审核员。
业务范围：审核组长应与被审部门无直接责任关系，但对被审部门的业务要有一定了解。
工作经验：审核组长应比审核组员有更多的审核经验。
组织能力：审核组长应能组织管理整个审核工作。

在任命审核组员时，主要考虑的因素是：
资格：必须是组织任命的内审员。特殊情况下，审核可吸收业务专家、见习内审员或者观察员参加审核组，但需经质量主管批淮。
业务范围：其专业最好与被审部门业务相适应，但也不强求要专业一致。审核员也应与被审部门无直接责任关系，即不是该部门成员。
专业知识：内审员对被审部门业务专业知识应有一定了解，但不强调一定要是这方面的专家。
工作中的协调：如果审核组规模较大，有多名审核员，则应考虑他们在工作中能否协调配合，团结合作。
为受审核部门所接受：质量主管或审核组长在决定审核组成员以前应征得受审核部门的同意，当受审核部门不肯接纳拟委派的内审员时，可考虑另选审核组员。